Присутствие в молекуле пурина кислородсодержащей функциональной группы не оказывает особого влияния на основность пурина: так, величина pKa гипоксантина равна 2,0. Наличие аминогрупп повышает основность пуринового производного (pKa аденина равна 4,2), а наличие оксогрупп уменьшает основность (pKa гуанина равна 3,3). Расположение протона именно в пятичленном гетероцикле в кристаллической протонной соли гуанина определено методом рентгеноструктурного анализа; это прекрасно иллюстрирует чрезвычайно тонкое взаимодействие заместителей и кольцевых гетероатомов, и, хотя 2-аминогруппа повышает основность пурина, это вовсе не означает, что протонирование обязательно пойдёт по соседнему положению N(3).
Незамещённый пурин медленно разлагается в разбавленных кислотах; так, в 1 н. серной кислоте при 100 °С он разлагается в течение 1 ч на 10 %. Устойчивость оксипуринов к разбавленным кислотам различна: например, ксантин устойчив в 1 н. серной кислоте при 100 °C, в то время как 2-оксипурин в тех же условиях полностью превращается в пиримидин за 2 ч.